La mayor parte de las averías en el saneamiento autónomo se deben a que la cantidad de aguas residuales que entran al sistema es mayor de las que éste puede tratar. El origen de este problema puede estar en las siguientes causas:
- Consumo excesivo de agua: bien por hábitos inapropiados o bien por existencia de un número de habitantes en la vivienda superior al considerado para el diseño del sistema.
- Vertido al sistema de sustancias inadecuadas.
- Volumen insuficiente en la fosa séptica: por mal dimensionamiento o por falta de mantenimiento (vaciado).
- Área de percolación insuficiente.
- Características del suelo inapropiadas para la infiltración.
Al margen de eventuales atascos en tuberías y arquetas, el mal funcionamiento del sistema de saneamiento se detecta a través del mal olor y cuando las aguas residuales parcialmente tratadas se acumulan en el área de percolación.
Un uso responsable del agua generará menor riesgo de fallos en el funcionamiento del sistema de saneamiento.